Thanh Hóa là một tỉnh với lĩnh vực thủy sản phát triển, một phần do vị trí địa lý có đường biển lớn với nhiểu cảng biển, cảng biển nước sâu. Tuy nhiên vấn đề xử lý nước tại Thanh Hóa lại chưa được đầu tư đồng bộ hóa với thực tế phát triển của nghành thủy sản của tỉnh
Với chất thải lĩnh vực thủy sản có các chất dinh dưỡng (N,P) với nồng độ cao gây ra hiện tượng phú dưỡng nguồn nước, rong tảo phát triển làm suy giảm chất lượng nguồn nước. Các vi sinh vật đặc biệt vi khuẩn gây bệnh và trứng giun sán trong nguồn nước là nguồn ô nhiễm đặc biệt.